Podle zpráv FDA patří mezi nejčastější vedlejší účinky semaglutidu nevolnost, průjem, zvracení, zácpa, bolest břicha, nadýmání, závratě, bolest hlavy, špatné trávení, hypoglykémie, gastroenteritida a gastroezofageální refluxní choroba.

Ve vážnějších případech může semaglutid způsobit pankreatitidu, žlučové kameny, akutní poškození ledvin, poškození sítnice a zvýšenou srdeční frekvenci.

Lidé užívající semaglutid mají 4,6krát vyšší výskyt pankreatitidy než lidé užívající jiné typy léků na hubnutí-a je také spojena se zvýšeným výskytem gastroparézy.